Часто в сериале Чакра изображается как энергия поддержания жизни, без которой Ниндзя умрет. Однако, почему её сначало нужно создать, неизвестно. Видимо, Чакра жизненно важна только для Шиноби.

Так же Чакра является основой почти всех Дзюцу. Что бы использовать техники, Ниндзя должен быть в состоянии создавать Чакру, изменять свойство Чакры и высвобождать. Лишь для Тайдзюцу обычно не нужно высвобождение Чакры, кроме некоторых техник, для которых пользователи Тайдзюцу как Рок Ли, должны освоить контроль Чакры в своём теле.

Однако есть и много другой пользы. Чакру можно использовать что бы взобраться на дерево или ходить по стенам и воде. Кроме того, некоторые Ниндзя способны придавать своей Чакры лечащее свойство, что бы лечить повреждения и даже воскрешать людей, передавая им свою Чакру.

                   Поток Чакры

                  Создание Чакры

Чакра состоит из двух разных видов сил, из телесной (身体エネルギー ("Shintai Enerugī"), "Shintai Energy") и духовной (精神エネルギー ("Seishin Enerugī"), "Seishin Energy"). Телесная энергия с самого начала находится в Ниндзя. Она распределяется на все клетки в теле и можно тренировать физической активностью. Духовную энергию можно увеличить путем опыта в течении времени.

Каждая техника израсходует Чакру, одна больше, другая меньше. Что бы применить тo или инoe Дзюцу, Шиноби сначала должен предоставить достаточное количество Чакры.

Для этого он соединяет свои телесные и духовные силы внутри себя и сжимает их так что они образуют маленький водоворот. По словам Джирайи, вращение можно распознать по макушке человека. Потом Чакра течет сквозь Кеиракукей (経絡系, "Переплетающаяся система потока") кТенкетсу (点穴, "Точечное отверстие"), которых у каждого человека 361 штук. Сквозь эти точки выделяется энергия и используется для техник. Однако этот процесс изнуряет выносливость (スタミナ, Stamina) пользователя.

Способы использования этой энергии разнообразны, так как Чакру можно использовать не только для техник, Шиноби способен изменять свои физически качества, на пример силу или скорость, или характеристику предметов и объектов с помощью Чакры, кроме того он может идти по воде или вообще влиять на физическую окружающую среду.

                   Контроль Чакры

Чакру нельзя беспорядочно и бесцельно разбрасывать вокруг, ее нужно направлять в определенные пути и фокусировать, что бы достигнуть желаемого результата. Для этого есть два метода - манипуляция формы и природного свойства Чакры. При использовании обычной техники эти методы уже неотъемлемые части техники и применяются автоматически, фокусирование Чакры происходит через складывание печатей.

Обычно Чакра жидковатая энергия которая быстро испаряется, однако Шиноби может повлиять на нее, после того как научится регулировать поток Чакры в теле (チャクラ調節, Chakra control) и равномерно распределять ее в округе (放出, Hōshutsu). Эффективность, дальность и проникновение техники сильно зависят от способности Шиноби умело изменять параметры своей Чакры. Только после комбинации манипуляции формы и свойства создается богатство различных техник. Только при манипуляции свойства выбор техник был бы значительно мал.

                    Кейтайхенка - изменение формы

          Сейшитсухенка - изменение природного свойства

Что бы заставить Чакру принять одно из природных свойств, Шиноби должен использовать"Сеишитсухенка" (性質変化, "Изменение природного свойства"). Эти пять возможностей изменять Чакру, называется "Годай Сеишитсухенка" (五大性質変化, "Пять великих изменений природного свойства"). Как уже сказано в имени, он изменяет природное свойство Чакры. Высвобожденная Чакра природных свойств всегда оканчивается на Канджи 騰 ("Ton").

Эту Чакру можно использовать двумя разными способами. Пользователь комбинирует ее с Кейтайхенка и использует ее как снаряд, сравнимо с Футон:Расен Шурикен или же он изменяет свою окружающую среду, что бы к примеру создать водоворот в воде. Если Шиноби не может предоставить достаточно Чакры для той или иной техники, то второй вариант идеален, что бы всё же атаковать вражеских Шиноби.

Что бы полностью владеть изменением природного свойства, из-за сложности нужно обширное и долгое обучение. При этом метод обучения видимо зависит от природного свойства, которому нужно научиться. На пример для свойства Футон проходит обучение Наруто в трех шагах, в которых он сначала занимается основными качествами и высвобождением специальной Чакры, затем повышает количество манипулированной Чакры и в конце использует эту Чакру в технике.

                          Сродство

У каждого Шиноби есть сродство с тем или иным свойством. Как оно возникает неизвестно, но, видимо, его можно унаследовать, так как существуют целые кланы, члены которых имеют одно и то же сродство. На пример многие из клана Учиха имели сродство со свойством огня. Сродство с тем или иным свойством лежит в сердце.

Конечно же Шиноби не ограничен одним сродством. Так уже при назначении Джонины владеют двумя или большими свойствами. Однако из-за высокой траты времени, что является условием в изучении одного свойства, почти невозможно изучить их все. Но обладатель Риненгана может овладеть свойствами быстрее, а Какузу получил все пять, путем кражи сердец других Шиноби.

Сродство Шиноби к свойству определяется специальной бумагой, которая, в зависимости от сродства, по разному реагирует на Чакру. При воде она намокает, при огне горит, при земле рассыпается, при молнии мнется, а при ветре бумага разрывается на две части.

                 Цикл свойств и противовес