АНБУ (яп. 暗部, досл. «Тёмная сторона»)(аббревиатура от Ансацу Сэндзюцу Токусю Бутай (яп.暗殺戦術特殊部隊, досл. «Особая команда по тактике и убийствам») — особый отряд наёмных ниндзя, находящийся под непосредственным контролем Кагэ.

 Члены АНБУ защищают лидера деревни, а также само селение от исключительных угроз и проводят различного рода миссии, связанные с большим риском, будь то выслеживание кого-либо или же убийство врага, в том числе за границей. Они прекрасно разбираются в анатомии человеческого тела, на основе чего используют различные мощные техники, например дзюцу, парализующее противника. В случае смертельного ранения члены АНБУ самоуничтожают своё тело, чтобы противник не узнал о них никакой информации.

Члены организации носят фарфоровые маски, изображающие животных, для того, чтобы выделяться среди других синоби и оставаться неузнанными. Они имеют стандартную экипировку, включающую чёрную униформу, серую броню, меч катана, носимый за спиной, защитные пластинки для рук и татуировку в виде спирали на левом плече. Кроме того лидер команды может носить плащ белого, в то время как его подчинённые чёрного цвета.

В Стране Воды существует особое подразделение АНБУ, члены которого носят звание ойнин(яп. 追い忍 досл. «Ниндзя-преследователь»). Их задача заключается прежде всего в поимке нукэнинов, а затем в полном уничтожении их тел, для доказательства выполнения миссии оставляя лишь голову врага.

Корень АНБУ

Печать Дандзо

Корень (яп. 根 Нэ) — секретное подразделение АНБУ Конохи, созданное Дандзо и подчинявшееся непосредственно ему, а не Хокагэ. Члены Корня (к слову сказать, в отличие от обычного АНБУ, использующие танто вместо катаны) выполняли миссии, которые, по мнению Дандзо, приносили Конохе наибольшую пользу, хотя с точки зрения Хокагэ могли не являться таковыми. Синоби этой организации, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должны были показывать никаких чувств и быть безразличным к тому, что происходит вокруг. Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Селения Скрытого Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами-друзьями. Кроме того каждый член Корня имел своё собственное кодовое имя и даже не знал настоящего имени своего сотоварища.

С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это ниндзя остались преданны своей организации и продолжали выполнять поручаемые им миссии. Не последнюю роль в такой покорности сыграл тот факт, что Дандзо наложил на каждого члена организации проклятую печать в виде отметины на их языке, благодаря чему ни один из них не может что-либо рассказать ни о Корне ни о его лидере. После смерти Дандзо члены Корня взяли курс на сближение отношений с действующим Хокагэ.

Военная полиция

Военная Полиция Листвы (яп. 木ノ葉警務部隊 Коноха Кэйму Бутай) или просто Военная Полиция была основана Вторым Хокагэ, по словам Тоби, с целью контроля за составлявшими подавляющее большинство её сотрудников членами клана Утиха. Символ Военной Полиции — герб клана Утиха на фоне сюрикэна. Данная организация занималась соблюдением правопорядка в деревне, и имела практически неограниченные полномочия. Тем не менее, она не могла вмешиваться в области, которые находились под прямым контролем Хокагэ, к примеру, без надлежащего ордера арестовывать членов АНБУ. Достоверно неизвестно, что стало с Военной полицией после того, как Итачи уничтожил почти всех Утих.

Семь синоби-мечников Тумана

Семь синоби-мечников Тумана (яп. 霧の忍刀七人衆 Кири но Синобигатана Нананин Сю:) — организация, включавшая в себя семь наиболее опытных ниндзя Деревни Тумана, виртуозно владевших гигантскими мечами. Состав её участников периодически менялся. Создана предположительно Четвёртым Мидзукагэ Ягурой. На момент начала действия манги «Наруто» уже не существовала.

Достоверно известны имена 9 бывших членов этой организации:

• Сильнейший состав группы:
  • Дзабудза Момочи — меч Кубикири Ботё (яп. 首斬り包丁 Кубикири Бо:тё:, досл. «Обезглавливатель»),
  • Фугуки Суйкадзан — меч Самэхада (яп. 鮫肌, досл. «Акулья кожа»),
  • Дзинин Акэбино — меч Кабутовари (яп. 兜割, досл. «Раскалыватель шлемов»),
  • Кусимару Куриарарэ — меч Нуибари ( 縫い針, досл. «Игла»),
  • Дзимпати Мунаси — меч Сибуки ( 飛沫, досл. «Всплеск»),
  • Амэюри Ринго — меч Киба ( 牙, досл. «Клык»),
  • Мангэцу Ходзуки — владел всеми мечами.

• Другие члены:
  • Ктсамэ Хосигаки — владелец Самэхады,
  • Тёдзиро — меч Хирамэкарэи (яп. ヒラメカレイ).

Также персонаж одного из филлеров, , был обозначен в аниме как член этой организации.